本會原為有限責任小基隆信用組合，創立於1918年9月25日，由曾石岳設立，設立信用部並成立信用評定委員會。信用部設立以來，經營順遂，組合成員漸次增加，事業基礎鞏固，紛紛要求擴大經營。1926年間信用組合兼營購買部，販賣肥料；利用部設置豆粕粉碎機之設備。1931年利用部擴大經營並增設醫療部醫療、食器利用之設施。因政府制度改革，1934年間改稱小基隆販賣購買利用組合；1944年間改稱三芝莊農業會，會長由盧根德先生擔任；1949年12月23日改稱臺北縣三芝鄉農會。為配合本市改制（臺北縣改制為新北市）2011年4月1日改稱為新北市三芝區農會。

歷經環境人事變遷及因應時事潮流全球化市場競爭，農會不斷兌變，2007年間導入農會企業識別體系，由下而上員工共同討論產生共識，以「成為永續經營全方位的黃金農業世界」之願景，訂定經營目標、策略。為能運用金融資源整合、強化全方位發展，信用部2018年7月16日順利加入農漁資訊共同系統，提升全國跨會通存、提優質服務。2021年4月30日為農業保險保險人，分散農業經營風險，提高農業經營保障，安定農民收入。

    本會積極落實「企業形象識別體系」提升農會形象。整合資源運用，展現農業新領域的服務團隊，維護農民權益、提升生活品質、開創多元事業、強化競爭能力、掌握時代潮流、善盡社會責任，共創多元加值效益。