本會原為有限責任小基隆信用組合,創立於1918年9月25日,由曾石岳設立,設立信用部並成立信用評定委員會。信用部設立以來,經營順遂,組合成員漸次增加,事業基礎鞏固,紛紛要求擴大經營。1926年間信用組合兼營購買部,販賣肥料;利用部設置豆粕粉碎機之設備。1931年利用部擴大經營並增設醫療部醫療、食器利用之設施。因政府制度改革,1934年間改稱小基隆販賣購買利用組合;1944年間改稱三芝莊農業會,會長由盧根德先生擔任;1949年12月23日改稱臺北縣三芝鄉農會。為配合本市改制(臺北縣改制為新北市)2011年4月1日改稱為新北市三芝區農會。
歷經環境人事變遷及因應時事潮流全球化市場競爭,農會不斷兌變,2007年間導入農會企業識別體系,由下而上員工共同討論產生共識,以「成為永續經營全方位的黃金農業世界」之願景,訂定經營目標、策略。為能運用金融資源整合、強化全方位發展,信用部2018年7月16日順利加入農漁資訊共同系統,提升全國跨會通存、提優質服務。2021年4月30日為農業保險保險人,分散農業經營風險,提高農業經營保障,安定農民收入。
本會積極落實「企業形象識別體系」提升農會形象。整合資源運用,展現農業新領域的服務團隊,維護農民權益、提升生活品質、開創多元事業、強化競爭能力、掌握時代潮流、善盡社會責任,共創多元加值效益。